SNP высокой значимости для прогнозирования наследственного потенциала продуктивности у аулиекольской породы

Abstract

В работе показан подход к применению результатов полногеномного поиска ассоциаций (genome-wide association studies, GWAS) в качестве источника информации о новых потенциальных генетических маркерах, применимых в маркер-ассоциированной селекции. Приведены результаты полногеномного поиска ассоциаций для 100 740 полиморфных сайтов с признаками мясной продуктивности у аулиекольской породы. В исследовании применена однолокусная линейная модель. Животные были генотипированы с помощью чипа GeneSeek GGP Bovine 150 K, (Neogen Corporation Company, Lincoln, NE, USA). Оценка уровня доверия к однолокусной линейной модели проведена с помощью графиков квантиль-квантиль (QQ plot). Модель была протестирована при уровнях значимости 0,00001, 0,0001 и 0,005. Показано, что применение однолокусной линейной модели для проведения полногеномного поиска ассоциаций у аулиекольской породы допускает уровни значимости р≤0,005 по признакам живой массы при рождении и живой массы при отъеме, а также р≤0,001 по признакам живой массы в 12 месяцев и ежесуточного привеса. Установлены и приведены характеристики фенотипических эффектов однонуклеотидных полиморфизмов (Single Nucleotide Polymorphism, SNP) высокой значимости ассоциации (р≤0,000001) с признаками живой массы при рождении (2 полиморфизма), живой массы при отъеме (4 полиморфизма) и живой массы в 12 месяцев (3 полиморфизма). Показано, что по признаку ежесуточного привеса SNP высокой значимости не выявлены. Охарактеризованы их локализация в геноме и характер фенотипического вклада в развитие признака (β).