Оценка применения коммерческого микрочипа для snp-генотипирования сайгака (saiga tatarica tatarica) с целью определения генетической структуры

Abstract

В исследовании была предпринята попытка оценить генетическое разнообразие и структуру уральской популяции сайгака (Saiga tatarica tatarica) с использованием коммерчески доступного микрочипа для SNP-генотипирования. Генетическая характеристика популяции имеет ключевое значение для разработки эффективных мер по охране и восстановлению этого вида, который подвергается значительным экологическим и антропогенным угрозам. В качестве исходного материала для исследования использовались ушные выщипы, собранные у павших диких животных. Экстракция ДНК была выполнена с использованием коммерческого набора «PureLink Genomic DNA Mini Kit», что обеспечило достаточный уровень чистоты и концентрации ДНК для дальнейшего анализа. Качество выделенной ДНК оценивалось с помощью спектрофотометрии и электрофореза на агарозном геле, что позволило контролировать как концентрацию, так и целостность фрагментов ДНК. Для проведения SNP-генотипирования был использован коммерческий микрочип Axiom™ Bovine-Ovine-Caprine Genotyping Array, разработанный для сельскохозяйственных видов.Процесс включал несколько стадий, таких как мплификация, фрагментация, гибридизация и сканирование с последующей обработкой данных. Однако, несмотря на соблюдение всех протоколов, полученные результаты оказались нечитаемыми из-за ограничений программного обеспечений производителя микрочипов, что связано с биологическими особенностями вида и несовместимостью используемых методик с немодельными организмами. Важность данного исследования заключается в том, что оно подчеркивает необходимость разработки специализированных подходов к генетическому анализу немодельных видов, таких как сайгак, для успешной реализации стратегий по их сохранению. В будущем потребуется дальнейшая адаптация методов или разработка новых технологий для точной оценки генетического разнообразия этого вида.