Қазақтың ақбас тұқымындағы өнімділік әлеуетін ерте болжау үшін толық геномдық SPN іздеу

Abstract

Бұл жұмыста қазақтың ақбас ірі қара малының іріктемесіне арналған GWAS нәтижелерінің мысалында маркер-ассоциацияланған селекциялық шаралар үшін жаңа тұқымға тән потенциалды генетикалық маркерлерді іздеу тәсілі көрсетілген. Бір локусты сызықтық модельді пайдалана отырып, ет өнімділігінің белгілері бар 100 740 полиморфты сайттар үшін ассоциацияларды толық геномдық іздеу нәтижелері ұсынылған. Жануарлардың генотиптеу 150 000 SNP бар GeneSeek GGP Bovine 150 K чипі арқылы жүргізілді (Neogen Corporation Company, Lincoln, NE, USA). Модельге сенімділік деңгейі 0,00001, 0,0001 және 0,005 мәнділік деңгейлерінде квантиль-квантиль графиктерді (QQ сызбасын) пайдалану арқылы бағаланды. Тірі туу салмағы және бөлу кезіндегі тірі салмақ, және р≤0,001 12 айдағы тірі салмақ және орташа тәуліктік салмақ белгілері бойынша модельді қолдану SNP-ге ену үщін p≤0,005 мәнділік деңгейінде мүмкіндік береді. Анықталған жоғары маңызды SNP фенотиптік әсерлері регрессия коэффициенті арқылы SNP-мен сипатталады. Алынған нәтижелер бұл тәсілді жас жануарлардағы ет өнімділігінің әлеуетін бағалауға мүмкіндік беретін шағын генетикалық панельдерді әзірлеу үшін әлеуетті кандидат гендері мен генетикалық маркерлерді іздеу кезінде қосымша ақпарат көзі ретінде қарастыруға мүмкіндік береді.