ҚАЙТА СЕКВЕНИРЛЕУ ӘДІСІМЕН ҚАЗАҚТЫҢ АҚБАС ТҰҚЫМДЫ ІРІ ҚАРА МАЛЫНЫҢ ТОЛЫҚ ГЕНОМЫН ТАЛДАУ

Abstract

Мақалада Қазақстанда толық геномдық секвенирлеу нәтижесінде алынған қазақтың ақбас тұқымды ірі қара малы геномының алғашқы сипаттамасы ұсынылған. Қазақтың ақбас тұқымының эталондық бұқаларынан қан мен қыл сынамалары жиналды. ДНҚ «ДНК Экстран-2» (ООО «Синтол» ЖШС, Ресей) және «PureLink Genomic DNA Mini Kit» (Invitrogen, АҚШ) коммерциялық жиынтықтары арқылы бөлініп алынды. ДНҚ-ның сапалық бағалау агарозды гель-электрофорез көмегімен, ал сандық бағалау Agilent Cary 60 спектрофотометрінде жүргізілді. Үлгілер cPAS түрі бойынша DNBSEQ-G400 платформасында жұптық ұштары 150 ж.н. ұзындығымен секвенирленді, әр үлгіге кемінде 9 ГБ дерек генерацияланды. BWA 0.7.17 бағдарламасы арқылы қазақтың ақбас тұқымының геномы Bos taurus ARS-UCD2.0 (GCF_002263795.3) соңғы қолжетімді эталондық тізбегімен салыстырылды. Геномда 21 742 полиморфты вариант анықталды, транзициялар/трансверсиялар арақатынасы 1,79-ді құрады. Осылайша, қазақтың ақбас тұқымының геномын қайта секвенирлеу етті ірі қара шаруашылығын дамыту және бұл тұқымның генетикалық қорын сақтау үшін маңызды рөл атқарады. Бұл жұмыстың нәтижелері қазақтың ақбас тұқымды ірі қара малының негізгі шаруашылыққа пайдалы белгілерінің қалыптасу негізінде жатқан генетикалық механизмдерді одан әрі зерттеуге, сондай-ақ тиісті генетикалық маркерлерді әзірлеуге негіз болады.