Сравнение трех методов экстракции ДНК овец породы едилбай

Abstract

Казахстан является одним из главных производителей баранины. Овцеводство является экономически важной частью селекции сельскохозяйственных животных в стране. Целью статьи было выявление экономически эффективного научного метода выделения ДНК для генотипирования казахских овец породы Едилбай. В этом исследовании мы выполнили первый шаг (извлечение ДНК) в генотипировании овец породы Едилбай для дальнейшего определения хозяйственно-полезных признаков. В последние годы технологии секвенирования и микрочипы нового поколения произвели революцию в научных исследованиях, применив их для высокопроизводительного анализа биологических систем. Отбор больших количеств чистой, фактически высококонцентрированной, незагрязненной геномной ДНК является необходимым условием для успешного и надежного анализа генотипирования. Для анализа микрочипов также требуется минимальная концентрация 50 нг/мкл. В этом исследовании были изучены три различных метода извлечения ДНК, чтобы идентифицировать их относительную эффективность для извлечения ДНК из выщипов ушей овец с точки зрения количества, концентрации, чистоты, целостности и пригодности для ПЦР в реальном времени. Качество и количество дифференциально выделенной ДНК впоследствии оценивали с использованием спектрофотометрических измерений (NanoDrop), ПЦР-амплификации в реальном времени на основе гель-электрофореза. Также были оценены время обработки, трудоемкость и стоимость каждого метода. Согласно результатам исследования, выделение коммерческим набором прост и безопасен, но дорогой, фенол-хлороформный метод и солевой метод извлечения ДНК, которые являются более экономичными, очень эффективны для извлечения относительно чистой ДНК. Сравнивая эти последние два метода, солевой метод был безопасным.