Оценка ДНК из образцов казахских пород лошадей типа жабе и адайского типа для 16S pPHK секвенирования

Abstract

Представленные нами микробиоты кишечника, и верхних дыхательных путей, лошадей казахской породы типа жабе и адайского типа в состоянии нормального физиологического состояния и недомогания, напрямую зависят от точного и воспроизводимого получения микробиологических данных. Критическим шагом в этом процессе, является применение соответствующей методологии для извлечения микробной ДНК, поскольку искажения, вносимые в процессе извлечения ДНК, могут привести к неточному представлению микроорганизмов. В своих исследованиях, мы провели количественный анализ экстрагированного ДНК коммерческим набором (Purelink Microbiome Purification Kit) по методике производителя из образцов казахской лошади двух типов - жабе и адай (образцы взяты из верхних дыхательный путей (n-24), кишечника (n-24) и фекалий (n-22) для дальнейшего 16S рРНК секвенирования и последующего получения данных о микробных сообществах, находящихся в кишечнике, и верхних дыхательных путей выше указанных типов. В целом, коммерческий комплект для извлечения ДНК из микробиома Purelink Microbiome Purification Kit являлся наиболее оптимальным и простым в применении, так как, не имел противопоказаний как для окружающей среды, так и для исполнителя. Результаты флуорометрического анализа для определения показателей количества подтвердили пригодность вышеуказанного метода экстракции ДНК для последующего секвенирования и хранения.